En 1825 Tlajomulco ya cuenta con ayuntamiento; y en 1837 es cabecera de partido del distrito de Guadalajara. En 1846 es cabecera del departamento de Tonalá y de uno de los 28 departamentos del estado.
Por decreto número 4561, publicado el 27 de julio de 1939, cambia la denominación por la de Tlajomulco de Zúñiga en memoria del General Eugenio Zúñiga.
Refuerzo C4
Con tecnología más avanzada, el Ayuntamiento de Tlajomulco de Zúñiga refuerza su Centro de Comando, Control, Comunicación y Cómputo (C4).
En esta fase se busco cubrir la conectividad, soporte, mantenimiento preventivo y correctivo de las primeras dos etapas. Actualmente el sistema tiene un funcionamiento óptimo de 98.5 por ciento.
